ZOOM Lite

شرح

ZOOM Lite یک نرم افزار نقشه برداری و تجسم داده توالی نسل بعدی است. ژنوم های مرجع ورودی کاربران و پرونده های کوتاه Illumina/Solexa یا فضای رنگی AB SOLiD پرونده ها را با فرمت های مختلف مانند * .fasta ، * .fastq ، * _seq.txt ، * .csfasta و غیره می خوانند. ZOOM نتایج نقشه برداری از این کوتاه را تولید می کند توالی مرجع را می خواند. ZOOM Lite دارای یک هسته نقشه برداری سریع و دقیق است که بر اساس تئوری بذرهای چند فاصله ای جدید طراحی شده است. خوانش های تک پایان و انتهای زوج با طول های مختلف از 15bp تا 240bp قابل کنترل هستند. هر تعداد عدم تطابق و یک درج/حذف طول های مختلف بین خواندن و منطقه هدف آن در توالی مرجع مجاز است. نتایج نگاشتی منحصر به فرد یا بهترین نتایج (بالا N) برای هر بار مطالعه با توجه به حداقل عدم تطابق و طول indel گزارش می شود. از نمرات کیفیت برای افزایش دقت نقشه برداری استفاده می شود. بر اساس هسته نقشه برداری ، ZOOM Lite به کاربران امکان می دهد تا داده های خواندن محلی و داده های توالی مرجع را بارگیری کنند ، پارامترهای مناسب را انتخاب کنند ، داده های با حجم بالا را به طور موازی در چهار پردازنده پردازش کنند ، کارهای در حال اجرا را کنترل کنند ، نتایج نقشه برداری را ذخیره کنند ، نمودارهای نتایج نقشه برداری و نتایج نقشه برداری خروجی در قالب های پرونده * .BED یا * .GFF برای بررسی بیشتر با اطلاعات ردیابی مرورگر UCSC. نتایج نقشه برداری را می توان در هر مقیاس دلخواه مشاهده کرد ، از نمودار عمق خواندن روی کل کروموزوم گرفته تا ترازهای توالی دقیق بین خوانده ها و توالی مرجع. کاربران به راحتی از طریق کلیک و کشیدن یا پیمایش به مناطق مورد نظر می روند. ZOOM Lite مشتق نرم افزار ZOOM Studio است.