FlexS

شرح

FlexS ترکیب و جهت گیری یکی از لیگاندها را نسبت به دیگری پیش بینی می کند. در FlexS، لیگاند مرجع صلب فرض می شود، بنابراین، باید در ترکیبی شبیه به حالت محدود ارائه شود. الگوریتم برهم نهی در FlexS فقط به مداخله دستی کمی نیاز دارد. شما می توانید این دانش را با انجام تک مرحله به صورت دستی در محاسبات با FlexS ادغام کنید. بنابراین، FlexS برای کار تعاملی روی جفت لیگاند و همچنین برای غربالگری مجازی مبتنی بر لیگاند طراحی شده است. دو کاربرد اصلی FlexS عبارتند از موقعیت یابی فوق العاده لیگاند (به عنوان مثال برای CoMFA/QSAR) و غربالگری مجازی. اگر پروتئین و یک مولکول کوچک به آن متصل شده است (به اصطلاح لیگاند مرجع) اما ساختاری از پروتئین ندارید، می توانید ساختار مرجع را به عنوان اثر انگشت منفی محل فعال در نظر بگیرید. FlexS شباهت بین آزمون و ساختار مرجع را با تراز کردن آنها تعیین می کند. در غربالگری مجازی، شما یک لیگاند مرجع و مجموعه ای از ترکیبات دارید و علاقه مند به اولویت بندی ترکیبات برای آزمایش تجربی هستید.